Подготовка к сдаче мазка при анализе на коронавирус

Классификация SARS-CoV-2

Активные исследования продолжаются, однако, на 27 января достоверно известны 26 генома SARS-CoV-2, а в марте их число увеличилось до 103.

В целом, уханьский коронавирус склонен к мутированию. Так, ученые выявили склонность SARS-CoV-2 к эволюционированию, поэтому, на март уже обнаружено 149 изменений в его штамме. Кроме того, новый коронавирус разделили на 2 подтипа — «L» и «S». Подтип «L» являлся первоначальной формой SARS-CoV-2, обнаруженной в Ухане, и его доля у больных составляет до 70%. Подтип «S» появился позже, является менее агрессивен и встречается примерно в 30% больных.

Штаммы коронавируса SARS-CoV-2

Наиболее популярными штамами являются:

«VUI-202012/01» — новый штамм коронавируса из Великобритании, или как его еще называют новый «Британский штамм», вызывающий COVID-19. Согласно последним данным, является на 70% более заразным, по сравнению с обычным, распространенным по всему миру штамом, терзающий людей с конца 2019 года

У «Британского коронавируса» выявлено 17 мутаций, но наиболее важной, которая и вызывает большую активность по проникновению в клетку «жертвы» является мутация N501Y в белке-шипе, использующийся для связывания в рецептором ACE2 человека. Именно из-за высокой заразности VUI-202012/01 на данный момент очень быстро вытесняет другие штаммы

Тем не менее, как заявляют вирусологи, против VUI-202012/01 вакцина будет также действенной.

Как и когда пациенты узнают о результатах?

В среднем на получение ответа при исследовании по методу ПЦР отводится от нескольких часов до двух дней. При любом результате пациента извещает медицинское учреждение, направившее его на анализ.

В случае положительного ответа принимается решение о помещении его на домашний карантин или на лечение в стационар в зависимости от тяжести протекания заболевания. Обязательно устанавливается круг лиц, с кем в ближайшее время заболевший контактировал. У них производится забор материала для проведения теста на коронавирус.

В случае отрицательного результата рекомендуется повторить тест через 4 дня от первого забора материала на анализ. Не исключается вероятность, что заражение произошло, но диагностика проведена слишком рано.

Российские тест-системы по методу ПЦР

Отечественные лаборатории активно включились в процесс разработки тестов на определение коронавирусной инфекции.

Название теста Особенности Время результата Планируемое количество к выпуску
Вектор Набор не включает в себя реагенты для проведения исследования. Материал доставляется в лабораторию, где производят анализ. Эксперты отмечают невысокую чувствительность тестов. До двух дней Уже выпущено 2 млн.
НПФ Литех Тесты на выявление Covid-19 по методу ПЦР. До двух дней 10000 тестов в сутки, с возможностью расширения до 50 тысяч
Поливир SARS-CoV-2 Предлагается два варианта тестов: Base – с комплектом реагентов для проведения анализа; Express – с дополнительными реагентами, позволяющими ускорить процесс определения результата. До 3 часов. Экспресс-метод до двух часов. Планируется выпускать в неделю 100-200 тест-систем.
Изотерм SARS-CoV-2 РНК-скрин Применяется метод петлевой изотермальной амплификации. Этот метод может выявлять наличие вируса к любой биологической жидкости, взятой у пациента, имеет меньшую вероятность ошибок и сокращает время получения результата. В пределах 1 часа Планируется выпуск в неделю до 500 тысяч тестов.
Смартлайфкеа Применяется метод петлевой изотермальной амплификации. Отмечается высокая точность тестов. До 30 минут Планируется еженедельный выпуск примерно 2,5 млн. тестов, а также до 1 млн. портативных лабораторий
Экспресс-тесты Медико-биологического союза Высокая чувствительность к выявлению Covid-19 До 40 минут Не уточняется
Тесты ДНК-Технология Позволяет определить в пробирке с материалом, взятым у пациента, до 10 копий коронавируса Не уточняется В неделю до 400 тыс.тестов. Возможно расширение мощностей до 1 млн. тестов в неделю
Тесты DRD Biotech Используется метод распознавания наличия антител в биологическом материале пациента. Используется в дополнение к ПЦР-диагностике Моментально по капле крови человека. Можно использовать даже дома В стадии разработки

Узнать подробнее, где сдать тест на коронавирус и антитела к нему, а также о его стоимости, можете ознакомиться на этой странице.

Настройки противовирусной защиты

Гепатит, как отмечают ученые, не взаимодействует с ACE2 напрямую, однако после развития инфекции уровень активности этого рецептора меняется, так как он связан со многими компонентами врожденной иммунной системы клеток. Руководствуясь подобной идеей, биологи проследили за тем, как менялось поведение молекул ACE2 в клетках двух сотен кусочков живой ткани, которую извлекли из печени носителей гепатита C.

Эти изменения биологи сопоставили с тем, как различались наборы мелких мутаций в геномах этих клеток, а также с тем, как изменилась концентрация других белков, потенциально связанных и с ACE2, и с врожденным иммунитетом. Этот анализ указал на то, что различия в активности «пособника» SARS-CoV-2 были в первую очередь связаны с двумя генами врожденной иммунной системы, IFNL3 и IFNL4.

В свою очередь, их поведение зависело от того, как был устроен другой участок ДНК, который расположен на 19-й хромосоме человека. В этом сегменте генома, который биологи назвали «регионом IFNL», может находиться три разных типа мутаций. Они значительно меняют то, как организм реагирует на проникновение любого типа вируса в организм.

«Крайне важно узнать, как вариации в регионе IFNL влияют на развитие инфекции в реальных тканях легких. Это особенно важно в контексте того, что мутации в этой части генома встречаются с неодинаковой частотой среди представителей разных этнических групп, что может влиять на характер распространения COVID-19 и смертность от вируса», – пишут ученые

Одна из них значительно понижала количество молекул ACE2, которые вырабатываются в ответ на проникновение вирусов в клетки печени, тогда как две других не препятствовали этому. Это было связано с тем, что обе этих «опечатки» в ДНК приводили к тому, что ген IFNL4 полностью отключался и не участвовал в борьбе с вирусной инфекцией.

Что интересно, степень различий в уровне активности ACE2, которая связана с мутациями в участке IFNL, наиболее ярко проявлялась среди молодых людей и почти не влияла на концентрацию этого белка в клетках пожилых больных. Это, как считают исследователи, может частично объяснять то, почему некоторые молодые люди умирают от COVID-19, тогда как другие переносят болезнь почти без симптомов.

Подобные генетические различия, как считают авторы статьи, нужно учитывать при лечении отдельных пациентов, а их распространенность по всей популяции следует принимать в расчет при прогнозировании хода коронавирусной инфекции.

Следует добавить, что статью ученых не рецензировали независимые эксперты и редакторы научных журналов, как это обычно бывает в подобных случаях

Поэтому к выводам из нее и аналогичных статей следует относиться осторожно

Альтернатива ПЦР-диагностике

В любом случае нужно повышать чувствительность тест-систем на основе ПЦР, заключает Алексей Чемерис, а для этого нужны другие подходы. «Надо сделать так, чтобы ложнонегативных результатов было меньше, практически исключить их», — считает он.

В обзоре, подготовленном вместе с коллегами, профессор Чемерис рассматривает преимущества и недостатки ПЦР-диагностики и других методов амплификации — копировании РНК бетакоронавирусов, к которым относится SARS-CoV-2. Теоретически весьма перспективен метод петлевой амплификации — LAMP, где используют сразу шесть или восемь праймеров.

«С одной стороны, повышается специфичность: только когда все праймеры отожгутся (сработают, распознав РНК коронавируса. — Прим. ред.), начнется амплификация, с другой — вирус мутирует и шансы, что реакция не пойдет, увеличиваются, поскольку какие бы участки генома ни выбрать, все равно вероятность мутаций больше в восьми участках, чем в двух или трех (при использовании гибридизационного зонда), достаточных для ПЦР», — объясняет исследователь.

Во время предшествующей эпидемии SARS возбудителя выявляли с помощью реакции NASBA (амплификации на основе секвенирования нуклеиновых кислот) и RCA (репликации по типу катящегося кольца). Геномный редактор CRISPR-Cas также пробуют применять для идентификации РНК нового коронавируса. Есть работы по полногеномному секвенированию любого генетического материала, находящегося в биоматериале. Метод очень чувствительный, но дорогой и долгий — занимает 20 часов. Так что в ближайшее время ПЦР с обратной транскрипцией останется самым массовым способом обнаружения коронавируса в организме.

Когда делают тест по методу ПЦР?

Сделать ПЦР тест на коронавирус можно любому человеку даже без видимых у него симптомов заболевания. Если вирус проник в организм, тестирование это покажет. Но сегодня его делают далеко не всем желающим. Направляют на тест только врачи и в приоритете следующие группы населения:

  • граждане с признаками простуды или гриппа, прибывшие в ближайшие 2 недели из стран, неблагополучных по коронавирусной ситуации, а также контактировавшие с ними лица;
  • лица старше 60 лет, обратившиеся к врачу с признаками ОРВИ;
  • все, кому поставлен диагноз «пневмония» в ближайшие дни;
  • лица с хроническими заболеваниями: сердечно-сосудистыми, эндокринными, онкологическими;
  • контактировавшие с гражданами, у кого диагноз COVID‑19 подтвердился.

Так же на анализ направляют при обнаружении положительного результата при прохождении экспресс-теста.

Где можно провериться на коронавирус

На сегодняшний день существует несколько вариантов проверки на COVID-19. Сдать мазок можно:

  • Бесплатно в районной поликлинике по месту прописки. Для проведения диагностики необходимо направление, которое терапевт выписывает по симптоматическим жалобам пациента. Признаками инфекции считаются температура, поверхностный кашель, выраженная слабость, аносмия (потеря обоняния).
  • На возмездной основе в коммерческих клиниках, медицинских диагностических центрах. Профилактический мазок сдают при отсутствии выраженных симптомов заражения вирусом SARS-CoV-2.

В условиях самоизоляции популярностью пользуется бесконтактный тест на коронавирус. По предварительной телефонной заявке набор для экспресс-теста и инструкцию по забору биоматериала можно получить на дом с курьерской доставкой. Человек проводит процедуру самостоятельно, запечатывает пробирку и отдает курьеру.

Отличия в анализах на выявление коронавируса

В государственных поликлиниках выполнение анализа занимает порядка 10 дней. Результаты можно узнать по телефону. Коммерческие медцентры работают быстрее. В зависимости от загруженности лаборатории, на выявление вируса требуется 2-5 дней.

Важно! В целях профилактики распространения вируса, в платных клиниках мазок на КОВИД-19 берут только у бессимптомных пациентов

Метод ПЦР

ПЦР — это метод полимеразной цепной реакции. О нем наслышаны многие, хотя до эпидемии значение аббревиатуры ПЦР было знакомо лишь криминалистам, генетикам, а также лабораторным работникам, определяющим ВИЧ, сифилис, гепатиты, туберкулез и еще ряд заболеваний.

Как работает ПЦР и какие бывают вирусы

ДНК — это двойная спираль, кодирующая генетическую информацию, в том числе, вирусов. Обе части ДНК соединены по принципу комплементарности. То есть, один элемент может соединяться только с соответствующим ему. Например, гуанин (G) только с цитозином(C). ДНК-содержащие вирусы — это вирус герпеса, оспы, гепатита В. Коронавирус относится к РНК-содержащим вирусам.

Для исследования методом ПЦР берется мазок из ротоглотки. Если в материал для анализа попала вирусная частица, то в лаборатории одна нить ее РНК достраивается до двойной спирали ДНК.

РИА Новости/Сергей Пивоваров

В чем суть метода ПЦР?

Вместо того, чтобы искать иголку в стоге сена (одну нить вирусной частицы), можно сделать целый «клубок» нитей, найти которые не составит труда. Нуклеотидная последовательность («буквы») РНК вируса уже расшифрована. И к этим «буквам» по принципу комплиментарности присоединяются в результате химической реакции другие. В итоге получается молекула ДНК. Она служит матрицей. Затем ее многократно размножают примерно по той же технологии. ДНК помещают в раствор со специальным набором химических веществ в устройство-амплификатор, в котором периодически меняется температура от 50 до 92 градусов. В нем, как в ксероксе, ДНК копируется.

Финальный этап исследования – электрофорез, на нем можно увидеть размноженные копии ДНК. ДНК заряжена отрицательно, и в электрическом поле ее притягивает положительный заряд. Притягиваясь к нему, размноженная ДНК проходит через краситель. Чем больше фрагмент ДНК, тем медленнее он двигается и тем ярче окрашивается.

Если в биоматериале пациента не было вирусной частицы, то и первая цепочка ДНК не выстроится – химическим веществам, подобранным для строительства, не за что будет «зацепиться». Соответственно, форез ничего не покажет.

Тест на антитела к коронавирусу класса IgG

Для чего нужен: Диагностика перенесенной инфекции COVID-19 (пост-фактум); в будущем – оценка эффективности вакцины.

Кто должен сдавать:

  • Те, кто могли переболеть инфекцией: лица, в прошлом имевшие острые симптомы или лица, имевшие достоверный контакт с инфицированным человеком или человеком с острыми симптомами. При этом мазок ПЦР не проводился, либо есть основания считать, что он мог быть ложноотрицательным
  • Те, кто хотят узнать статус своего иммунитета к коронавирусной инфекции

Когда делать: Антитела IgG обнаруживаются в крови на 3-4 неделе с момента контакта с вирусом SARS-CoV-2.

Комментарий: Антитела класса IgG могут сохраняться в организме человека длительное время, поэтому выявление их в крови однозначно свидетельствует о том, что человек переболел коронавирусом. Таким образом, тест рассматривается в качестве поздней диагностики COVID-19 и в качестве подтверждения диагноза при осложнениях (мультисистемный воспалительный синдром).

Существует две разновидности тестов на антитела. Экспресс-тест показывает только наличие или отсутствие антител (кровь берется из пальца). Как видно из названия, его преимущество в скорости анализа: результат можно получить уже через 20 минут. Иммуноферментный анализ, в отличие от экспресс-теста, предполагает забор крови из вены и показывает концентрацию антител в крови, благодаря чему можно сделать вывод о стадии заболевания.

Зачастую лаборатории предлагают сдать анализ на оба вида антител.

В начале эпидемии ученые говорили о том, что серологическое тестирование поможет им установить уровень коллективного иммунитета в разных странах. Однако сейчас эксперты не рекомендуют применять тест на антитела в этих целях: сначала необходимо установить наличие, стойкость и продолжительность иммунитета у переболевших COVID-19.

Достоинства и недостатки метода ПЦР

Современные методы позволяют точно подобрать набор веществ, нужных для реакции, а значит, «достроить» именно ДНК SARS-Cov-2, а не другого похожего.

Теперь о недостатках. Первое — относительно высокая цена. Она обусловлена высокой себестоимостью как праймеров, так и оборудования – амплификаторов. Второе — время. Ждать, пока размножится ДНК, нужно несколько часов, а с учетом транспортировки до лаборатории результаты теста пациент может узнать через сутки и более.

Также эффективность теста не превышает 80%. Праймеры для реакции подбираются на основе информации об РНК вируса. Но фрагмент с теми же «буквами» может оказаться и в других микроорганизмах пробы – отсюда ложноположительный результат. Ложноотрицательный результат получится, если вирусные частицы ушли из ротоглотки, спустились дальше по дыхательному пути. Тогда в пробе просто не окажется РНК вируса.

Сдавать тест ПЦР есть смысл в том случае, если человек контактировал с пациентом с подтвержденным коронавирусом.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *

Adblock
detector